يطلق على اسم القسم الذي يدرس أمراض المريء والمعدة والأمعاء الدقيقة والغليظة اسم الجهاز الهضمي. أمراض الأعضاء الأخرى التي تهتم بها أمراض الجهاز الهضميهي الكبد والطحال والمرارة والبنكرياس.

تعتبر الإجراءات مثل التنظير الداخلي وتنظير القولون و ERCP والموجات فوق الصوتية أثناء تشخيص هذه الأعضاء جزءًا من ثلاث سنوات من التدريب التخصصي في أمراض الجهاز الهضمي.

الأمراض الرئيسية التي يهتم بها قسم أمراض الجهاز الهضمي بالتشخيص والعلاج هي:

• مرض الجزر ، صعوبة في البلع ، سرطان المريء
• التهاب المعدة وقرحة المعدة وسرطان المعدة
• مرض الاضطرابات الهضمية ومرض كرون
• التهاب القولون التقرحي ، زوائد القولون ، سرطان القولون ، مرض الرتج ، الإمساك المزمن ، الإسهال المزمن ، البواسير ، الشق الشرجي
• التهاب الكبد ، التهاب الكبد B ، التهاب الكبد C ، التهاب الكبد المناعي الذاتي ، تليف الكبد الصفراوي الأولي ، مرض ويلسون ، داء ترسب الأصبغة الدموية ، تليف الكبد ، زراعة الكبد ، سرطان الكبد
• حصوات المرارة واليرقان الانسدادي وانسداد القنوات الصفراوية
• التهاب البنكرياس الحاد ، التهاب البنكرياس المزمن ، سرطان البنكرياس ، كيسات البنكرياس